En del patienter, der klager over reflukssymptomer, behøver næppe medikamentel behandling. Milde og sporadiske symptomer kan behandles med antacida, eller antirefluksmidler p.n., og patienten kan rådgives om relevante livsstilsændringer. Ved svære og hyppige symptomer behandles med syrepumpehæmmer i standarddosis 1 gang dgl., og effekten evalueres efter 4-8 uger. Ved utilstrækkelig effekt på reflukssymptomerne kan dosis fordobles (standarddosis 2 gange dgl.), eller antirefluksmiddel kan tillægges efter måltiderne og/eller til natten. 

Tilstrækkelig kontrol af symptomer er det primære behandlingsmål. Ikke alle patienter kan forvente at blive helt symptomfri, men det må tilstræbes, at symptomerne ikke påvirker patientens livskvalitet. Herudover må komplikationer forebygges. Ved erosiv reflukssygdom bedres symptomerne under opheling af erosionerne, og persisterende erosioner er ofte relateret til et uacceptabelt niveau af symptomer, hvorfor behandlingsintensitet kan justeres efter patientens symptomer.
Patienter med non-erosiv eller ikke-undersøgt reflukssygdom, som har godt respons på den initiale behandling, kan instrueres i p.n.-behandling med syrepumpehæmmer i standard- eller halv dosis.
Patienter med svær erosiv reflukssygdom (Grad C og D efter Los Angeles-klassifikationen) bør have langtidsbehandling med syrepumpehæmmer i daglig standarddosis for at forebygge recidiv og komplikationer ^{(5928) (4469)}. 

Patienter med alarmsymptomer/fund og patienter med utilfredsstillende respons på behandlingen bør have foretaget endoskopi. Endoskopisk kontrol til sikring af opheling af øsofagitis er ikke nødvendig, da symptomlindring er en tilstrækkelig prædiktor for heling. Symptomerne recidiverer ofte efter behandlingsophør, så langtidsbehandling med syrepumpehæmmer kan være indiceret, og formentlig altid i tilfælde med svær øsofagitis ^{(5928) (4469)}. 

Kirurgisk behandling, oftest udført laparoskopisk, er et alternativ til medikamentel langtidsbehandling efter sikker dokumentation af patologisk refluksmønster ved pH-måling og sammenhæng mellem dette og de dominerende symptomer. Helicobacter pylori-eradikation har ingen effekt på reflukssygdom, hverken hvad angår symptomlindring eller recidivprofylakse ⁽⁴⁴⁶⁹⁾.  

Præparatvalg

Syrepumpehæmmere er mere effektive end antacida. Syrepumpehæmmere er førstevalg ved refluksøsofagitis. Der er ingen væsentlige præparatforskelle mellem syrepumpehæmmere. Billigste præparat kan vælges. 

Ved non-erosiv reflukssygdom, dvs. halsbrand uden at der kan påvises øsofagitis ved endoskopi, samt ved ikke-undersøgt refluks, anses syrepumpehæmmere også for førstevalgs-initialbehandling. Ved behov for langtidsbehandling vælges den billigste behandling, fx halv dosis syrepumpehæmmer, der til stadighed kontrollerer symptomerne. Symptomstyret behandling med en syrepumpehæmmer er et alternativ i disse tilfælde ⁽⁹⁸⁹⁾. Patienten instrueres i at tage en dosis syrepumpehæmmer daglig indtil symptomfrihed i 24 timer. Medicinforbruget kan herved reduceres til ca. en tredjedel uden at kompromittere patientens livskvalitet. 

Antacida og antirefluksmidler som alginater, der mekanisk fremkalder en barriere mod refluks til øsofagus, har en vis symptomatisk effekt. Den hurtigt indsættende effekt gør disse midler velegnede til sporadiske gener. Antirefluksmidler er velegnede som supplement ved fortsatte symptomer (halsbrand, sure opstød) på trods af daglig syrepumpehæmmer.