I den medicinske behandling benyttes følgende typer af medicin: 

• mesalazinpræparater (5-aminosalicylsyrederivater = 5-ASA) til colitis ulcerosa
• glukokortikoider
• immunsuppressive midler som azathioprin eller methotrexat. Ciclosporin anvendes i sjældne tilfælde til behandlingsrefraktær svær akut colitis ulcerosa
• biologiske midler med antistof mod tumornekrosefaktor (TNF), antistof mod adhæsionsmolekyler, eller antistof mod proteinet p40 med hæmning af interleukin 12 og 23.
• oral janus kinaseinhibitor (JAK1, JAK2, JAK3), tofacitinib til behandling af colitis ulcerosa. Janus kinaser formidler signalering af cytokiner der har betydning for inflammation.

Lokaliserede komplikationer til Crohns sygdom (fx fistler eller abscesser) behandles med en kombination af kirurgisk indgreb og medicinsk behandling med antibiotika (ciprofloxacin eller metronidazol), immunsuppressive midler og tumornekrosefaktor antistof. Stromale stamceller fra fedtvæv kan anvendes til behandling af komplekse perianale fistler hos voksne efter utilstrækkeligt respons på mindst én konventionel eller biologisk behandling. Som led i den kirurgiske intervention kan man anvende stromale stamceller fra fedtvæv til behandling af komplekse perianale fistler hos voksne efter utilstrækkeligt respons på mindst én konventionel eller biologisk behandling. 

Vedrørende biologisk behandling af kroniske inflammatoriske tarmsygdomme findes en behandlingsvejledning fra RADS. Se endvidere Medicinrådet, der fra 1. januar 2017 har overtaget RADS' opgaver. 

Behandling af aktiv sygdom

Ved aktiv colitis ulcerosa med distal lokalisation anvendes primært lokalbehandling (suppositorier, skum eller klysma) med 5-ASA eller glukokortikoid. Der suppleres ofte med oral behandling med 5-ASA dels som led i behandling af den aktive sygdom, dels som recidivprofylaktisk vedligeholdelsesbehandling. 

Ved let til moderat aktiv venstresidig og ekstensiv sygdom, hvor 5-ASA behandling ikke er tilstrækkelig kan behandles med budesonid (MMX-præparat med frigørelse i colon). 

Ved udbredning af sygdommen proksimalt for venstre colonfleksur samt ved sværere eller fulminante tilfælde af colitis ulcerosa gives glukokortikoider intravenøst eller oralt. Behandling af pouchitis (inflammation i ileoanalt reservoir) er en specialistopgave.
Aktiv Crohns sygdom i ileum og proksimale colon behandles med budesonid p.o., enten alene eller i kombination med azathioprin. Hvis Crohns sygdom er udbredt til andre områder af tarmen, eller hvis der ikke er effekt af budesonid, anvendes systemisk virkende glukokortikoider, fx prednisolon - evt. i kombination med azathioprin. Methotrexat kan også være effektiv. 

Biologiske midler (TNF-hæmmere, adhæsionsmolekyleantistof og og Janus kinase hæmmer (kun colitis ulcerosa) og antistof mod interleukin 12 og 23) anvendes især til behandling af såkaldt steroidrefraktær eller steroidafhængig colitis ulcerosa og Crohns sygdom samt fistulerende Crohns sygdom. Man kan tillige anvende den ovenfor beskrevne behandling med lokalt injicerede stromale stamceller fra fedtvæv. 

Profylaktisk behandling

5-ASA har vist sig effektivt til at reducere risikoen for opblussen af colitis ulcerosa, men har derimod ikke vist recidivprofylaktisk effekt ved Crohns sygdom.
Steroider har ingen dokumenteret recidivprofylaktisk effekt.
Azathioprin, TNF-hæmmere, adhæsionsmolekyleantistof og antistof mod interleukin 12 og 23, har dokumenteret recidivprofylaktisk effekt ved både colitis ulcerosa og Crohns sygdom. Janus kinasehæmmer har dokumenteret recidivprofylaktisk effekt mod colitis ulcerosa.