Formålet med en lokalbehandling kan være: 

• Supplement til systemisk behandling i tilfælde, hvor der ikke kan opnås tilstrækkelige koncentrationer i infektionsfoci ved systemisk behandling alene.
• Behandling af lokaliserede eller overfladiske infektioner, hvor lokalbehandling er tilstrækkelig.
• Brug af antibiotika som profylakse kan komme på tale ved behandling af sår, forbrændinger eller øjenlæsioner samt forud for operative indgreb for at reducere hudfloraen, mundfloraen eller tarmfloraen.
• Behandling af en bærertilstand, fx udryddelse af S. aureus-bærertilstand i næsebor.

De nærmere indikationer fremgår af de afsnit, hvor antimikrobielle midler til lokal anvendelse er omtalt. Der henvises til: 

• Antibakterielle midler til inhalation
• Antimykotika (mundhule og tænder)
• Antimykotika til lokal brug (svampeinfektioner i huden)
• Antibiotika (hudmidler)
• Glukokortikoider til udvortes brug
• Infektioner i vagina
• Aminoglykosider ved knogle- og ledinfektioner
• Lokalbehandling af øjeninfektion.

Til behandling af kronisk inficerede hudlidelser, fx ulcus cruris, bør der aldrig anvendes topical (lokalt) antibiotika.  

Topisk behandling med clindamycin mod acne vulgaris bør ikke vare mere end 12 uger i træk uden evaluering. 

Ved lokaliseret impetigo bør antiseptisk behandling med chlorhexidinsæbe eller/og chlorhexidincreme være afprøvet, før behandling med fusidin creme. 

Det er Sundhedsstyrelsens vurdering, at den eventuelt forkortede sygdomsvarighed ikke opvejer den øgede risiko for resistensudvikling. Fusidin kan dog i særlige tilfælde bruges til behandling af impetigo ved behandlingssvigt ved relevant antiseptisk behandling, og såfremt læsionerne fortsat er få og afgrænsede, således at der ikke er indikation for systemisk behandling.  

Det anbefales, at hudforandringerne podes, når patienten henvender sig første gang for at afgøre resistens og følsomhed i forhold til eventuel senere behandling med antibiotika, hvis behandling med antiseptika er utilstrækkelig.  

Ved større og udbredte læsioner vil der ofte være indikation for systemisk behandling. 

Lokal anvendelse af antimikrobielle midler på hud og slimhinder medfører en større risiko for sensibilisering af patienten og resistensudvikling blandt mikroorganismerne end systemisk anvendelse. 

Den kraftigt sensibiliserende virkning skyldes, 

• at de anvendte midler ved lokal applikation på hud og slimhinder kan omdannes, hvorved deres haptene egenskaber forstærkes.
• at applikation på inficerede eksemer bringer midlerne i intim kontakt med selve reaktororganet (den eksematiserede hud) hos patienter, som i forvejen er allergisk disponerede.

Den større risiko for resistensudvikling skyldes, 

• at koncentrationen af de lokalt tilførte antimikrobielle midler i overgangszonen mellem inficeret væv og normalt væv vil være så lav, at eventuelle mikroorganismer stadig vil kunne formere sig. Sådanne subinhibitoriske koncentrationer giver optimale forhold for resistensforekomst ved selektionen af spontant opståede mutanter med nedsat følsomhed over for det antimikrobielle middel.
• at applikation på hud, slimhinder eller sår bringer de antimikrobielle midler i kontakt ikke blot med den forårsagende mikroorganisme, men tillige med talrige andre normalt forekommende mikroorganismer. Herved sker der en kraftig selektion af tilstedeværende resistente mikroorganismer på bekostning af de følsomme mikroorganismer.