Allergener genkendes af immunsystemet hvor de enten kan udløse allergiske straksreaktioner via specifikke IgE antistoffer, eller de kan udløse senreaktioner, der involverer sensibiliserede T-celler, primært i huden.  

IgE medierede straksreaktioner (Type- I allergi) opstår minutter til få timer efter eksponering og kan udløses af luftvejsallergener fra pollen, pelsdyr, husstøvmider og skimmelsvampe, som primært fører til symptomer som rhinoconjunctivitis og astma. Allergener fra fødevarer, insektgift og lægemidler kan også udløse rhinit og astma, men udløser desuden urticaria gastro-intestinale symptomer og sjældnere livstruende anafylaktiske reaktioner.  

T-celle medierede senreaktioner (Type- IV allergi (hudtest)) er primært hudreaktioner som opstår timer til dage efter eksponering og kan være enten lokale som kontakteksemer eller systemiske som i forsinkede medikamentelle eksantemer. T-celle medierede reaktioner udløses af mange forskellige allergener bla kemikalier, metaller og lægemidler.