Allergener til diagnostik og behandling ( allergen immunterapi) indeholder blandinger af allergene komponenter. Allergenerne er oftest ret stabile makromolekyler med proteinkarakter. Der er ikke påvist fælles træk i allergenernes molekylestruktur, og generelt adskiller allergener sig ikke fra antigener, der stimulerer andre dele af immunsystemet.  

Mindre molekyler kan fungere som haptener, der efter kobling til større molekyler (bl.a. plasmaproteiner) kan sensibilisere organismen. Ved senere kontakt kan haptenerne udløse en allergisk reaktion, i enkelte tilfælde uden at være bundet til disse molekyler. Isocyanater og penicilliner er eksempler på sådanne stoffer.