Calcitonin anvendes som supplerende behandling ved hypercalcæmisk krise ⁽²⁹⁹²⁾. Dosis er de første par dage 400-600 IE pr. døgn. Herved opnås et hurtigere fald i plasma-calcium end med bisfosfonater. Calcitonin kan anvendes i særlige tilfælde, fx før elektive ortopædkirurgiske indgreb på knoglevæv afficeret af ostitis deformans (Paget’s knoglesygdom) for at reducere gennemblødningen, til behandling af ostitis deformans administreret som 100 IE i.m. eller s.c. dgl. eller hver 2. dag. Dette kan især være aktuelt ved knoglesmerter og neurologiske kompressionssymptomer. I dag anvendes imidlertid fortrinsvis bisfosfonater, specielt zoledronsyre, som er langt mere effektivt, se Bisfosfonater (hypercalcæmi). 

I skelettet hæmmer calcitonin aktiviteten, bevægeligheden og antallet af osteoklaster og reducerer hermed knogleresorptionen. På grund af koblingen mellem knogleresorption og -formation nedsættes knogleformationen gradvist. Hos patienter med ostitis deformans (Pagets knoglesygdom) kan knoglesmerter, der er betinget af en øget gennemblødning, aftage. Calcitonin hæmmer desuden den aktive udpumpning af calcium over blod-knoglebarrieren. 

I nyrerne øger calcitonin den renale udskillelse af calcium, fosfat, magnesium, natrium, kalium og klorid. Den samlede skeletale og renale effekt af behandling med calcitonin er et hurtigt indsættende fald i serum calcium. Effekten aftager efter nogen tids behandling formentlig pga. nedregulering af receptorerne.