Ved sufficient antibiotisk behandling af akutte infektionssygdomme vil temperaturfald og klinisk bedring indtræde i løbet af de første 2-3 døgn. 

Ved mange ukomplicerede akutte infektionssygdomme er der tiltagende evidens for, at korttidsbehandling med antibiotika er lige så effektiv som længerevarende behandling ⁽⁴⁶⁵⁵⁾. Tendensen går derfor mod korttidsbehandling for også at nedsætte risikoen for udvikling af resistente bakterier. Ofte vil antibiotikabehandling kunne seponeres, når patienten er klinisk rask, men der er vigtige undtagelser, se nedenfor ⁽³⁰⁷¹⁾. 

Akutte, ukomplicerede urinvejsinfektioner anbefales 3 dages antibiotikabehandling. 

Akut tonsillitis anbefales 7 dages antibiotikabehandling. 

Akut eksacerbation i kronisk obstruktiv lungesygdom og pneumoni anbefales 5-7 dages antibiotikabehandling. 

I nogle situationer er en kortvarig antibiotikabehandling, fx i 3 dage tilstrækkelig, hvis primærfokus kan elimineres, fx ved at fjerne et kontamineret intravenøst kateter med lavvirulente bakterier som E. faecium og koagulasenegative stafylokokker. 

Ved infektioner med abscesdannelse og infektioner i præformerede hulrum bør der behandles, indtil de fokale læsioner er veldrænerede eller organiseres og evt. absorberes. Dette gælder fx ved osteomyelitis, endocarditis, lungeabsces, pleuraempyem og sepsis med abscesdannelse i indre organer. I disse tilfælde bør der behandles i 4-8 uger. 

Ved kroniske infektioner skal man som hovedregel behandle med antibiotika i flere måneder - kronisk osteomyelitis behandles i mindst 3 måneder efter relevant kirurgi og tuberkulose i minimum 6 måneder. 

Ved infektioner omkring fremmedlegemer som osteosyntesemateriale, ledproteser, hjerteklapproteser og permanente intravenøse katetre vil selv langvarig behandling med antibiotika kun sjældent kunne fjerne bakterierne, hvis der er dannet en film af bakterier (biofilm) på fremmedlegemet. Hvis infektionen er veletableret, tilrådes det derfor så vidt muligt at fjerne fremmedlegemet under den antimikrobielle kemoterapi. Hvis det er nødvendigt at indsætte et nyt fremmedlegeme, bør det om muligt først gøres, når infektionen er færdigbehandlet. 

Der er i en vis udstrækning givet forslag til behandlingsvarighed i antibiotikavejledningen, se Vejledning i brug af antibiotika.