Hensigten med profylaktisk brug af antibiotika er at supplere patientens immunforsvar og fjerne eventuelt tilkomne patogene bakterier. 

Ulempen ved den profylaktiske anvendelse er imidlertid, at den normale hud- og slimhindeflora ændres. De mikroorganismer, som patienten har en vis specifik immunitet over for, udryddes. I stedet selekteres for resistente mikroorganismer, som patienten måske ingen immunitet har over for, og som måske er mere virulente. 

Profylaktisk brug af antibiotika bør derfor kun anvendes, når effekten heraf er dokumenteret gennem kontrollerede undersøgelser. 

Antibiotisk profylakse bør kun gives på følgende indikationer: 

• Peroperativ antibiotikaprofylakse
  Ved operationer, der omfatter bronkier og tarmkanal, ved osteosyntese af komplicerede frakturer, ved indsætning af hofte- og knæledsproteser og ved transplantation på større brandsår, anbefales peroperativ behandling med midler, der er rettet mod den forventede patogene flora. Hensigten er at opnå, at hæmatomer, væskeansamlinger o.l. indeholder baktericide koncentrationer af de anvendte antibiotika over for de bakterier, der kunne være til stede. Dette forudsætter, at blodkoncentrationen er maksimal på det tidspunkt, hvor hæmatomer, væskeansamlinger o.l. dannes.
  De anvendte antibiotika skal derfor indgives i tilslutning til - dvs. så lang tid før - operationen, at der opnås maksimale koncentrationer ved kirurgiens indledning, og at tilstrækkelige koncentrationer opretholdes under hele operationen. Dette er som regel ½ time før incision.
  Ved ukomplicerede operationer er én dosis, givet umiddelbart før indgrebet, fx ved anæstesiens indledning, tilstrækkelig. Fortsætter operationen ud over 3 timer, gentages dosis, hvis det anvendte antibiotikum har en plasmahalveringstid < 1 time, fx penicilliner og de fleste cefalosporiner.
  Profylaktisk brug af antibiotika ud over operationsforløbet har ikke dokumenteret effekt ved randomiserede placebokontrollerede undersøgelser og frarådes derfor i almindelighed, når patienten forlader operationsstuen.
• Profylaktisk anvendelse af antibiotika hos patienter med hjertesygdomme, som disponerer til endocarditis. Denne behandling gives kun i tilslutning til indgreb med risiko for bakteriæmi. Se endvidere hjerte- og kredsløbssygdomme i Odontologisk medicinvejledning.
• Profylaktisk anvendelse af antibiotika hos husstanden til patienter med meningitis forårsaget af Neisseria meningitidis
• Profylaktisk anvendelse af antibiotika til patienter, som har aspireret stærkt forurenet vand.
• Profylaktisk anvendelse af antibiotika hos patienter med alvorlige læsioner som åbne frakturer, knusningslæsioner, bidlæsioner samt læsioner af tarmkanalen ⁽²⁹³¹⁾.
• anvendelse af antibiotika til neutropene patienter er omdiskuteret. Fluorquinoloner er vist at kunne nedsætte forekomsten af sepsis med gramnegative bakterier, men med betydelige resistensproblemer til følge. Den fluorquinolonresistens, der er i Danmark hos fx E. coli, medfører en reduceret effekt af profylaksen. Effekten er endvidere afhængig af den tilgrundliggende lidelse og graden og varigheden af den neutropene fase. Der er ikke påvist gunstig effekt på mortaliteten.
• Intrapartum antibiotikaprofylakse (IAP) gives i henhold til vejledning fra Dansk Selskab for Obstetrik og Gynækologi. IAP gives blandt andet til kvinder, der er koloniserede med hæmolytiske streptokokker Gr B (GBS) på fødselstidspunktet, da det reducerer vertikal transmission af GBS til barnet og forekomsten af tidlig neonatal GBS-infektion. Behandling af asymptomatisk GBS-bakteriuri under graviditet anbefales på diagnosetidspunktet ⁽⁴⁸⁹⁷⁾.