På grund af den øgede forekomst af meget resistente bakterier har Sundhedsstyrelsen udgivet en vejledning om ordination af antibiotika både for læger i primær sektoren og for hospitalslæger ⁽²³⁸²⁾. Sundhedsstyrelsen har i 2016 også udgivet en national klinisk retningslinje for brug af antibiotika i forbindelse med tandlægebehandling ⁽²⁹⁵⁰⁾. 

Der er behov for øget bevidstgørelse om, at alle antibiotika påvirker det samlede økologiske samfund af mikroorganismer betegnet mikrobiota og medfører selektion af resistente bakteriestammer. Herved øges andelen af bakterier, der er resistente, samt også risikoen for udvikling og spredning af resistente patogene bakterier. Visse bakterier er nu så resistente, at de infektioner, de giver anledning til, kun vanskeligt kan behandles med de nuværende tilgængelige antibiotika. Hertil kommer, at kun få nye antibiotika forventes at blive tilgængelige i nærmeste fremtid. WHO har fremskrevet, at i 2050 vil op mod 10 millioner personer dø om året som følge at resistente bakterier. Udviklingen maner til, at der udvises større forsigtighed vedrørende brug af antibiotika. 

Antibiotisk behandling, der anses for livreddende, skal iværksættes umiddelbart. Målet med rationel antibiotikaterapi er derfor at begrænse uvirksom og unødvendig antibiotikabehandling. 

Sundhedsstyrelsen ønsker, at antibiotisk behandling i højere grad kommer til at basere sig på mikrobiologisk diagnostik. 

De basale regler, der gælder for alle lægers ordination af antibiotika til systemisk brug, er: 

• Antibiotikabehandlingen skal kunne forventes at forhindre alvorlige/livstruende forløb eller at afkorte sygdomsforløbet væsentligt.
• Kliniske og diagnostiske undersøgelser skal være udført i en grad, der som minimum sandsynliggør bakteriel årsag.
• Det valgte antibiotikum skal være målrettet og påvirke mikrobiota så lidt som muligt, jf. generelle og lokale retningslinjer for anvendelse af antibiotika.
• Hvis den initiale behandling ikke virker, skal indikation og valg af antibiotikum revurderes og eventuelt justeres efter yderligere mikrobiologisk diagnostik.
• Varigheden af behandlingen skal være så kort som muligt og følge den evidens, som foreligger på området.
• Diagnosen, der udløser recepten/ordinationen, skal specifikt angives i ordinationssystemet, herunder på recept og i journal.

Som eksempel på udmøntning af Sundhedsstyrelsens anbefalinger har fagudvalget for hensigtsmæssig anvendelse af antibiotika i primær- og sekundærsektoren under Rådet for Anvendelse af Dyr Sygehusmedicin (RADS; nu Medicinrådet) i 2016 udgivet anbefalinger for hensigtsmæssig anvendelse af antibiotika ved nedre luftvejsinfektioner i almen praksis og på hospital. Anbefalingerne har fokus på differentieret udredning og behandling herunder behandlingsvarighed afhængig af sektor og sværhedsgrad af nedre luftvejsinfektion. Se RADS baggrundsnotat. I 2019 har Medicinrådet udgivet behandlingsvejledning vedrørende urinvejsinfektioner ⁽⁵⁰¹⁰⁾. 

I 2017 har Sundheds- og Ældreministeriet udarbejdet en national handlingsplan for antibiotika til mennesker ⁽³³⁷⁵⁾. Handlingsplanen indeholdt tre målbare mål for en reduktion af antibiotikaforbruget frem mod år 2020: 

• Antallet af indløste recepter på antibiotika bør reduceres.
• Der bør ske et skift i forbruget af bredspektrede til smalspektrede antibiotika.
• Forbruget af de tre antibiotikagrupper (cefalosporiner, quinoloner og carbapenemer), som er kritisk vigtige for behandling af infektioner, bør reduceres.

Handlingsplanens resultater viste samlet set, at det var muligt at påvirke antibiotikaforbruget i gunstig retning. 

I 2018 har Sundhedsstyrelsen udarbejdet Vejledning om forebyggelse af spredning af CPO.  

Vejledningen indeholder anbefalinger for undersøgelse for carbapenemase producerende organismer (CPO) og håndtering af CPO positive personer, herunder infektionshygiejniske forholdsregler og anmeldelse.