Flucytosin (5-fluorocytosin) transporteres ved hjælp af cytosinpermease ind i sensitive celler, herunder en række Candida spp. og Cryptococcus neoformans, mens humane celler kun påvirkes i ringe grad. Intracellulært metaboliseres det til 5-fluoruracil, der i svampe inkorporeres i RNA i stedet for uracil og derved forstyrrer proteinsyntesen. Flucytosin er fungistatisk og ved højere koncentrationer fungicidt. Primær resistens findes hos 2-10 % af påvirkelige svampe, og sekundær resistens udvikles let, hvorfor flucytosin kun bør anvendes som led i kombinationsterapi og efter resistensbestemmelse. Anvendelse bør kun ske på specialafdeling. 

Flucytosin har god CNS-penetration og er i kombination med amphotericin B (liposomal) første valg ved kryptokokmeningitis 

Flucytosin har et snævert terapeutisk indeks, og koncentrationsmåling bør derfor altid foretages. 

Flucytosin er ikke markedsført, men det kan med udleveringstilladelse fra Lægemiddelstyrelsen rekvireres fra apotek/sygehusapotek