Behandlingen afhænger af det infektiøse agens. De forskellige typer kan være svære at skelne uden spaltelampemikroskopi, hvorfor diagnostik og behandling som hovedregel er en akut specialistopgave. 

Behandling startes straks uden at afvente et evt. podningsvar af skrab fra læsionen. Små og lette keratiter kræver ikke dyrkning. Bakteriel keratit behandles med bredspektrede antibiotikaøjendråber. For at mindske smerter kan suppleres med pupiludvidende dråber med cyclopentolat 1 % 3 gange dagligt. Ved manglende effekt på pupillen kan forsøges med hyoscin øjendråber (skopolamin 0,2 %) 2 gange dagligt (andre anvendelsesområder) eller atropin øjendråber 1 % én gang dagligt (fås som Minims - magistrel ordination). 

Hos kontaktlinse-brugere skal linsen altid tages ud af øjet. Kontaktlinser, linsebeholder og skyllevæske skal kasseres og udskiftes til nyt. Ved henvisning til øjenafdeling, bør kontaktlinser, linsebeholder og skyllevæske medbringes med henblik på dyrkning og mikroskopi. Patienten må tidligst bruge kontaktlinse igen 2 uger efter ophelet keratitis. 

Præparatvalg 

I sammenlignende undersøgelser har en række stoffer vist sig lige effektive. Drypning med fluorquinoloner som levofloxacin, lomefloxacin, eller ciprofloxacin er almindeligvis effektivt. Chloramphenicol er ikke altid effektiv som eneste behandling, da det ikke er tilstrækkeligt virksomt ved pseudomonas aeruginosa, som er en hyppig årsag.  

Ved store og meget alvorlige keratiter kan dryppes hver time med gentamicin (14 mg/ml) i kombination med cefuroxim (33 mg/ml) eller vancomycin (31 mg/ml). Disse øjendråber fremstilles magistrelt ud fra infusionspræparater. Se endvidere lokalbehandling af øjeninfektion.