Prostaglandinanaloger hæmmer syresekretionen og stimulerer desuden mucus- og hydrogencarbonat-sekretionen. Da hæmning af den prostaglandinafhængige mucosaprotektion er af patogenetisk betydning for NSAID-inducerede ventrikelulcera, synes substitution med prostaglandinanaloger nærliggende som profylakse, og flere prostaglandinanaloger er da også vist at forebygge udvikling af endoskopisk påviselige erosioner og ulcera i ventrikelmucosa hos patienter i NSAID-behandling. Den kliniske anvendelighed påvirkes dog af bivirkningsprofilen (diarré).  

Rutinemæssig kombination af NSAID og prostaglandinanalog eller  syrepumpehæmmer som profylakse mod ventrikelulcera er ikke indiceret, men bør overvejes ved særlige risikofaktorer, fx ældre og patienter med tidligere  ulcussygdom eller gastro-intestinal blødning. Dokumentationen er dog bedst for syrepumpehæmmer som profylakse.