Hos børn ses invasiv pneumokoksygdom som meningitis og sepsis specielt hos børn i aldersgruppen under 2 år. Pneumokokker spredes ved dråbesmitte eller direkte kontakt. Der blev frem til og med 2007 årligt rapporteret omkring 20 tilfælde af pneumokokmeningitis hos børn under 2 år i Danmark, og i næsten hvert tredje tilfælde var der alvorlige senfølger som høre- og hjerneskader. 

I 2007 blev den 7-valente proteinkonjugerede pneumokokvaccine Prevenar® indført i det danske børnevaccinationsprogram, og den blev i 2010 erstattet af den 13-valente Prevenar® 13. Efter indførelse af pneumokokvaccination i det danske børnevaccinationsprogram er antallet af invasive pneumokokinfektioner blandt danske børn faldet betydeligt. 

Se endvidere Det danske børnevaccinationsprogram.