Immunsupprimerende lægemidler anvendes ved allogen stamcelletransplantation for både at forebygge og behandle graft-versus-host sygdom (GvHD) samt undgå rejektion af donorstamcellerne. 

GvHD er alloimmunitet rettet mod patientens raske væv. Dvs. når T-lymfocytterne fra donor præsenteres for fremmed antigen i patienten, kan de reagere herimod og give symptomer fra flere organsystemer. Der findes både en akut og en kronisk type defineret ud fra, hvornår den debuterer i forløbet efter en allogen stamcelletransplantation samt den kliniske præsentation. 

Rejektion ses kun hos få procent ved allogen stamcelletransplantation, mens GvHD er en langt større modspiller, som optræder hos omkring halvdelen af patienterne for både den akutte og den kroniske form, til trods for profylakse.  

Hvilken kombination af immunsupprimerende lægemidler, der anvendes i profylaksen af GvHD, er afhængig af den forbehandling med kemoterapi og evt. strålebehandling - også kaldet konditionering - der gives forud for infusionen af stamcellerne, samt af hvorvidt stamcellerne stammer fra knoglemarv, perifer stamcellehøst eller navlesnorsblod og graden af vævstypematch mellem donor og patient. Hvor donor er en vævstypeidentisk søskende eller en fuldt forligelig fremmed donor - dette gælder de fleste transplantationer i Danmark - anvendes typisk en calcineurinhæmmer i kombination med methotrexat ved den myeloablative konditionering og en calcineurinhæmmer og mycophenolat ved den non-myeloablative konditionering. Der kan hos nogle patienter tillægges andre stoffer, fx anti-thymocytglobulin og/eller sirolimus. 

I tiden efter den allogene stamcelletransplantation reduceres den immunsupprimerende behandling gradvist for at optimere graft-versus-leukæmi effekten. Hvis der ikke tilstøder GvHD, ophører den immunsupprimerende behandling typisk efter 6 måneder. 

Hvis der tilstøder behandlingskrævende GvHD - såvel akut som kronisk - er hovedmidlet steroid ofte med tillæg af en calcineurinhæmmer. Andre immunsupprimerende lægemidler, tyrosinkinasehæmmere og/eller ekstrakorporal fotoferese (ECP) kan også komme på tale. Hvis der optræder kronisk GvHD, kan behandling med immundæmpende lægemidler blive langvarig og hos nogle livsvarig. 

Behandling med kombinationer af immundæmpende lægemidler, som ved en allogen stamcelletransplantation, indebærer en betydelig risiko for infektioner, og der gives profylakse mod herpesvirus, Pneumocystis jiroveci, gærsvampe og i visse tilfælde skimmelsvampe.