Hos patienter med sekundær osteoporose vil en optimal behandling af grundsygdommen i kombination med non-farmakologisk osteoporoseprofylakse til tider kunne bedre knoglemineraltætheden i et sådant omfang, at farmakologisk osteoporosebehandling kan undlades. Behandling af fx tyrotoksikose eller hyperparatyroidisme vil således ofte øge BMD. I sådanne tilfælde kan det være hensigtsmæssigt at afvente en evt. effekt på BMD som følge af, at grundsygdommen bliver behandlet ("watchful waiting"). Hvis en DXA-scanning foretaget 1-2 år senere fortsat viser osteoporose (T-score ≤ -2,5), anbefales farmakologisk osteoporosebehandling. Hos patienter med flere Risikofaktorer for fraktur og T-score ≤ -2,5 kan det overvejes at iværksætte umiddelbar farmakologisk behandling. 

Ved en række tilstande med sekundær osteoporose må det overvejes at henvise patienten til specialist, da særlige forhold kan gøre sig gældende, herunder: 

- svær D-vitaminmangel
Hos disse patienter kan der forekomme osteoporose i kombination med osteomalaci (osteoporomalaci), som primært anbefales behandlet med tilskud af calcium og D-vitamin. Efterfølgende bør tages stilling til, hvorvidt yderligere behandling er indiceret (gentagen DXA-scanning med samtidig vurdering af andre risikofaktorer for fraktur). 

- malabsorption
Patienter med gastro-intestinale sygdomme samt pancreas- og leversygdomme kan lide af sekundær hyperparatyroidisme og osteoporose. Disse patienter bør behandles med calcium- og D-vitamintilskud som ved osteoporomalaci. 

Ved malabsorption, som ikke lader sig korrigere gennem medicinsk behandling, anbefales kontrol af D-vitaminstatus 1-2 gange årligt. 

Farmakologisk osteoporosebehandling er kontraindiceret ved ubehandlet osteomalaci. Effekten af oral behandling med bisfosfonater kan være kompromitteret ved tilstande med malabsorption. Ofte vil parenteral administration af enten denosumab eller et bisfosfonat være hensigtsmæssigt hos disse patienter, idet en evt. D-vitamindeficiens skal korrigeres forinden. 

- præmenopausal østrogenmangel 

Yngre kvinder med primær og sekundær amenoré og østrogenmangel har 20-25 % lavere BMD sammenlignet med raske aldersmatchede kvinder. Kvinder med amenoré kan derfor efter grundig udredning tilbydes østrogenbehandling, hvis den primære årsag ikke kan behandles. Behandlingen mht. osteoporosen bør principielt seponeres ved forventet menopausetidspunkt. 

Hos kvinder med anorexia nervosa er vægtøgning af afgørende betydning, mens effekten af østrogensubstitution er mere tvivlsom ⁽⁴⁴⁶⁰⁾. 

- androgenmangel 

Omkring 30 % af mænd med osteoporotiske frakturer har androgenmangel. Som hovedregel bør denne tilstand korrigeres medicinsk. Herudover er der ofte indikation for anden osteoporosebehandling, fx bisfosfonater eller anabol behandling, se endvidere Androgener.