Der er meget sjældent indikation for behandling af diarré med antibiotika. Dels fordi diarréen ofte ophører spontant, dels fordi en sådan behandling ofte er virkningsløs. I øvrigt er der en risiko for forværring af tilstanden med udvikling af antibiotikaudløst bakteriel overvækst i tarmen inklusive Clostridium difficile enteritis og resistensudvikling.  

Det er relevant at indsende afføringsprøve til undersøgelse for patogene tarmbakterier og parasitter, hvis behandling er indiceret, hvis smittesammenhæng ønskes belyst ved udbrud hos flere personer, efter udlandsrejser, eller hvis VTEC-infektion mistænkes. 

Diarré som led i en svær akut gastroenteritis ("svær turistdiarré") kan forkortes ved 3 dages antibiotikabehandling med makrolider (azithromycin eller roxithromycin) eller fluorquinoloner (ciprofloxacin). Rifaximin kan også bruges, men virker ikke ved mucosainvasive bakterier som Salmonella, Campylobacter og Shigella.  

Clostridium difficile enteritis behandles oralt med vancomycin, metronidazol, rifaximin eller fidaxomicin. Ved behandling med sidstnævnte ses lavere recidiv risiko. Ved recidiverende infektioner kan fæces transplantation være indiceret.