Hovedindikationerne for clindamycin er: 

• alvorlige infektioner forårsaget af Staphylococcus aureus, som er resistente over for penicilliner og cefalosporiner
• til penicillinallergikere især ved osteomyelitis og også sepsis, pneumoni, lungeabsces, pleuraempyem, sårinfektion, furunkulose og mastitis.

For at undgå resistensudvikling bør det ved længerevarende behandling kombineres med andre antibiotika, fx fusidin eller rifampicin. 

Anvendes også som alternativ til et makrolid til behandling af tonsillitis og peritonsillær absces hos patienter, som er allergiske over for penicillin. 

Clindamycin kan anvendes til behandling af recidiverende tonsillitis forårsaget af β-hæmolytiske streptokokker.  

Anvendes desuden som endocarditisprofylakse i forbindelse med tandekstraktioner hos patienter, som er allergiske over for penicillin.  

Ved nekrotiserende myositis/fasciitis, forårsaget af β-hæmolytiske streptokokker er der i dyreforsøg beskrevet effekt af at kombinere penicillin med clindamycin. Det menes, at effekten skyldes en nedsat toksinproduktion hos bakterierne på grund af clindamycins hæmning af proteinsyntesen; men der foreligger ikke kontrollerede kliniske undersøgelser, som kan bekræfte dette. 

Anvendes også ved infektioner, hvor anaerobe bakterier spiller en stor rolle, fx peritonitis, subfrenisk absces, periappendikulær absces, postoperative eller posttraumatiske sårinfektioner, Fourniers gangræn og puerperal sepsis. Anvendelsen bør i disse tilfælde ske i kombination med antibiotika med virkning på gramnegative stave.
Lokalt ved acne vulgaris. 

I form af vaginalcreme kan det anvendes ved bakteriel vaginose. 

Se Antibiotika virkemåde og resistens. 

Mikrobiologisk virkningsspektrum 

Clindamycin virker på grampositive kokker, i særdeleshed Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae og Streptococcus pyogenes. 

Det virker i øvrigt over for Bacillus anthracis og Corynebacterium diphtheriae. Clindamycin har god effekt på de fleste anaerobe bakterier, især Bacteroides spp., Peptostreptococcus spp. og Peptococcus spp. En del Clostridium spp. er resistente. 

Aerobe gramnegative stave, Neisseria spp. og Enterococcus faecalis er resistente. 

Resistensforhold

Se Antibiotika virkemåde og resistens.
Ved længere tids anvendelse ses resistensudvikling, dog mindre hyppigt end over for makrolidantibiotika.  

Erythromycinresistente stafylokokker udvikler lettere resistens over for clindamycin, og clindamycinresistente stafylokokker er oftest resistente over for erythromycin.